Das Auswahlverfahren zur EUSO besteht aus vier Runden.

Da in den Runden der drei ScienceOlympiaden in Biologie (IBO), Chemie (IChO) und Physik (IPhO) Talente mit besonderen Begabungen in diesen drei Fächern ausgewählt werden, kann sich jede Schülerin und jeder Schüler weiterqualifizieren, die oder der an den ersten beiden Runden dieser Olympiaden erfolgreich teilnimmt. Zwar sind die Chancen gering, dort mit den älteren Talenten mithalten zu können, um in das internationale Team der IBO, IChO oder IPhO zu gelangen. Aber die 15- oder 16jährigen Schülerinnen und Schüler, die es bis in die dritten Runden dieser Olympiaden schaffen, haben eine große Möglichkeit, in die EUSO zu kommen: Die vier Besten dieser Altersgruppe aus jeder Olympiade werden zur vierten EUSO-Runde ausgewählt. Darüber hinaus wird aus dem Nationalteam der IJSO für jedes Fach eine Teilnehmerin oder ein Teilnehmer für die EUSO-Auswahlrunde nominiert.

Die Auswahl der Teammitglieder ist jedoch in jedem Teilnehmerland anders geregelt. Es ist daher immer wieder spannend zu sehen, wie unterschiedlich die Nationalteams zusammengesetzt sind. Denn nicht immer sind die fachlich besten auch die besten Teamplayer. 

Die Altersgrenze liegt für die EUSO etwa bei 17 Jahren. Genau gesagt darf das Alter der Teilnehmer im Vorjahr der EUSO bis zum 31. Dezember 16 Jahre nicht überschritten haben. Für die EUSO 2021 gilt beispielsweise: Alle Geburtsjahrgänge ab 2004 oder später dürfen daran teilnehmen.