Das Auswahlverfahren zur EOES besteht aus vier Runden.
Da in den Runden der drei ScienceOlympiaden in Biologie (IBO), Chemie (IChO) und Physik (IPhO) Talente mit besonderen Begabungen in diesen drei Fächern ausgewählt werden, kann sich jede Schülerin und jeder Schüler weiterqualifizieren, die oder der an den ersten beiden Runden dieser Olympiaden erfolgreich teilnimmt. Zwar sind die Chancen gering, dort mit den älteren Talenten mithalten zu können, um in das internationale Team der IBO, IChO oder IPhO zu gelangen. Aber die 15- oder 16jährigen Schülerinnen und Schüler, die es bis in die dritten Runden dieser Olympiaden schaffen, haben eine große Möglichkeit, in die EOES zu kommen: Die vier Besten dieser Altersgruppe aus jeder Olympiade werden zur vierten EOES-Runde ausgewählt. Darüber hinaus wird aus dem Nationalteam der IJSO für jedes Fach eine Teilnehmerin oder ein Teilnehmer für die EOES-Auswahlrunde nominiert.
Die Auswahl der Teammitglieder ist jedoch in jedem Teilnehmerland anders geregelt. Es ist daher immer wieder spannend zu sehen, wie unterschiedlich die Nationalteams zusammengesetzt sind. Denn nicht immer sind die fachlich besten auch die besten Teamplayer.
Die Altersgrenze liegt für die EOES etwa bei 17 Jahren. Genau gesagt darf das Alter der Teilnehmer im Vorjahr der EOES bis zum 31. Dezember 16 Jahre nicht überschritten haben. Für die EOES 2024 gilt beispielsweise: Alle Geburtsjahrgänge ab 2007 oder später dürfen daran teilnehmen.